Игровой процесс традиционен для игр серии Total War и представляет собой смесь пошаговой стратегии и тактики в реальном времени. Управление государством (в терминологии Total War — «фракции») происходит на стратегической карте в пошаговом режиме. Игра начинается в 1700 году и заканчивается в 1799 году (но будет предоставляться возможность играть далее), один ход равен половине года. Битвы происходят в реальном времени на тактической карте. Имеется возможность провести битву в автоматическом режиме, не загружая тактическую карту.

Игра описывает период ожесточённого империализма, колонизации, исследования мира и далёких войн. Игра охватывает весь XVIII век, а игроку даётся задача управления одной фракцией для доминирования над Европой, Северной Африкой, Америкой, Ближним Востоком и Индией. Впервые в серии игрок может лично принять участие в морских боях.

Кроме основных трёх частей света (Европа, Северная Америка и Индия), в игре также присутствует четыре так-называемых торговых региона: Ост-Индия, Берег Слоновой Кости, Мадагаскарские проливы и Бразильское побережье. Эти регионы не могут быть заселены или захвачены. Вместо этого, государства посылают туда торговые корабли, которые приносят прибыль по прибытию. Эти корабли имеют довольно незначительное вооружение (за исключением испанских галеонов) и их необходимо охранять от нападения конкурирующих держав, желающих монополизировать торговлю в том или ином регионе, и пиратов.

Также, правительство фракции игрока может измениться во время кампании, так как в то время происходил рост демократических взглядов. Например, США могут появиться только если правители этой территории не смогут поддерживать общественный порядок. Другим примером является Французская революция, которая случится только если французский народ станет неудовлетворённым своим правителем (подобная революция может случиться у любой фракции). У каждой играемой фракции будут свои цели в игре, включая основание успешных колоний, торговых путей и доминирование определёнными регионами.

В каждой провинции существует три типа населения: дворяне, буржуазия и беднота, но в каждом правительственном строе имеют значение лишь два. Буржуазия не присутствует в абсолютной монархии, беднота — в конституционной монархии, а дворяне — в республике. Для изменения государственного строя, необходимо восстание в столичной провинции (в любой другой это всего-лишь местный бунт). В таком случае, игроку предоставляется выбор: стать на сторону революционеров или защищать столицу от мятежников. При успешной революции, правительственный строй меняется в зависимости от предыдущего, а также от класса восставших граждан/подданных. Например, если при абсолютной монархии восстанет беднота, то при их победе восторжествует республика.

У каждого правительственного строя существует ряд преимуществ и недостатков (с точки зрения игрока). При абсолютной монархии, назначение министров является полностью во власти игрока. Также имеет более крупный эффект присутствие военных в городах. Но при этом на бедное население отрицательно влияют здания, обозначающие процесс Промышленной революции, а также изучения в области государственных институтов. Конституционная монархия является «золотой серединой» — у игрока всё ещё есть возможность лично выбирать министров, на буржуазию не так сильно влияют промышленные здания и исследования, но уменьшается подавляющий эффект армии на население. При республике, игроку необходимо каждые несколько лет проходить выборы. При выборах меняется кабинет министров (хотя игрок всё ещё может их увольнять). С другой стороны, присутствие промышленных зданий и исследования нисколько не влияют на бедноту (это можно объяснить присутствием профсоюзов и лучшими условиями жизни).

Морские битвы:
Реалистичные повреждения кораблей. Книппели могут рвать паруса и сносить мачты, картечь убивает экипаж, ядра разрушают пушки и пробивают различные части обшивки кораблей чтобы потопить их. Удачный выстрел ядром в повреждённый корабль может подорвать его пороховые склады, мгновенно уничтожая его.
Пять видов вооружения: ядра, книппель, картечь, гаубицы и ракеты. Последние два вида используются особо-оснащёнными кораблями и не являются стандартным вооружением обычных кораблей. Кроме того, при использовании ракет, есть шанс что ракеты могут взорваться ещё до старта, нанося огромные повреждения ракетному кораблю.
Возможность захватывать вражеские корабли абордажем.
Меняющаяся погода, серьёзно влияющая на ход битвы.
При сильных повреждениях, на кораблях может начаться пожар, для борьбы с которым всему экипажу необходимо временно оставить свои обычные обязанности (например, движение и стрельба).

Наземные битвы:
Боевая музыка из волынок, барабанов, флейт и труб.
Игрок слышит крики генералов, отдающих приказы на разных языках.
В ходе сражения поле боя становится покрытым мёртвыми, умирающими и изуродованными телами.
Во время рукопашных схваток солдаты будут парировать, блокировать и уходить от ударов. Это достигнуто использованием видеоанализа.
Теперь во время осады крепостей не нужны специальные лестницы и осадные башни — солдаты используют специальные крюки (кошки).
При штурме города, гарнизон автоматически пополняется крестьянами поставленными «под ружьё», в зависимости от лояльности местного населения. Эти призывники не имеют практически никакой дисциплины и разбегаются при виде серьёзного врага.

Экономика:
Оставлена возможность доверить полное управление экономикой компьютеру.
Игрок сможет устанавливать два вида налоговых ставок: для Низшего Сословия и для Высшего Сословия (русск. Знать)(при Респубике вместо Высшего Сословия стоит Среднее Сословие).
Увеличение налогов вызывает миграцию населения в города с меньшей налоговой ставкой.
Разная прибыль в казне в зависимости от государственного строя.

Некоторые возможности предыдущих игры серии отсутствуют в «Empire»:
Возможность передать управление подкрепления компьютеру.
Возможность выбора дня или ночи.
Возможность просмотра семейного древа правящей династии.
Возможность становления кардинала папой римским.
Возможность взятия пленных во время сражений.
Возможность произвольно поменять столицу.

Карта кампании теперь не ограничена одной Европой и Ближним Востоком. Она будет охватывать также территории Америки, Африки и Индии.

Форма правления также является выбором игрока: абсолютная монархия, конституционная монархия и республика. В игре также присутствует множество исторических личностей, включая Петра I, Джорджа Вашингтона, Джона Черчилля и Карла XII. При восстаниях у игрока появится выбор: либо принудить население к порядку силой армии, либо успокоить подданных, сменив государственный строй. Игрок также имеет право увольнять некомпетентных членов администрации. В этом случае эти посты пополняются случайным образом из рядов оппозиции. Существует возможность назначить понравившегося члена оппозиции на определенную должность, для этого достаточно перетащить мышкой иконку с его портретом на место увольняемого члена администрации. Кроме того, при республике, игроку необходимо время от времени устраивать выборы для успокоения народа (игрок остаётся правителем при любом исходе).

Впервые в истории серии в «Empire» присутствует возможность изучать новые технологии, а также улучшать существующие здания. Прохождение кампании основано прежде всего на развитии технологий. Развитие технологий не будет линейным — исследованию будут подлежать армия, экономика, государственные институты. Также, каждый регион может заниматься своими исследованиями, но количество возможных технологий ограничено зданиями в этом регионе.

Основное нововведение — координация тактического и стратегического искусственного интеллекта. Все битвы на карте сражений учитывают глобальную стратегию. Отступление для перегруппировки, заманивание в засады — разработчики постарались максимально приблизить действия компьютерного противника на поле боя к поведению человека. Тактическое нововведение: компьютер не только отвечает на ход игрока, но и своими действиями провоцирует его на совершение критической ошибки.

В отличие от предыдущих игр серии, провинции более не будут полностью централизованными в городах. Хотя город всё ещё является центром провинции, существуют и другие строения, которые занимаются торговлей и набором войск. Это позволяет врагу нарушать эффективность провинции не нападая на поселение. Вместо послов, торговцев, священнослужителей, шпионов и убийц из предыдущих игр, «Empire: Total War» имеет лишь три вида небоевых единиц: священники (различаются в зависимости от веры нации), джентльмены (в русской локализации дворяне) и негодяи (англ. rakes)(в русской локализации диверсанты). Джентльмены занимаются внедрением и могут вызывать других персонажей на дуэль для удаления персонажа с честью, а негодяи занимаются тайными делами, такими как шпионаж, убийство и грабёж. Религия уже не играет такую важную роль как в «Medieval II», хотя всё ещё выделяются основные верования: католицизм, православие, протестантизм, ислам, индуизм и анимизм (это основные в игре, хотя также существует множество других, включая буддизм и сикхизм). Кроме того, этих персонажей нельзя нанимать или тренировать. Они сами присоединяются к игроку случайным образом. Эти шансы можно увеличить присутствием определённых зданий. Присутствие джентльмена в учебном учреждении увеличивает скорость научных исследований этого здания. Следует заметить что в восточных странах (включая Государство Маратхов и Османскую империю) джентльменов заменяют мудрецы, которые не могут вызывать других персонажей на дуэль. Государства Индии взамен негодяев пользуются услугами тугов.

Наём войск отличается от системы предыдущих игр серии, где войска нанимались в поселениях и затем переводились в армию генерала. В «Empire», генерал может лично нанимать войска из поселений (подобно системе наёмников в «Rome» и «Medieval II»), хотя войскам всё равно необходимо время для путешествия к генералу. Кроме того, возможность «традиционного» найма войск оставлена, также генералов можно нанимать неограниченное количество, в отличие от предыдущих частей где генералами были лишь члены королевской семьи.

По мере роста населения в провинции небольшие деревни становятся городками (столица региона не растёт), которые затем можно специализировать в один из четырёх типов: научный, религиозный, развлекательный и промышленный. Рыбацкие деревни можно специализировать в один из трёх видов портового городка: рыбацкий, торговый и военный. Рыбацкие и торговые верфи могут строить только корабли самого низкого класса (галеры, шлюпы и бриги). Следует заметить, что городки и порты имеют реальные названия(однако некоторые города использованные в качестве портов, на тот момент еще не существовали, так например Североморск обозначен как порт в XVIII веке, когда построен был в конце XIX века и имел другое название), соответствующие их местонахождению в действительности.

Также, члены королевской семьи (если таковая есть у нации) более не являются персонажами на карте. Генералы и адмиралы теперь повышаются из офицеров игроком по мере надобности, но это требует немалых затрат, и слишком частые повышения приводят к упадку качеств генералов/адмиралов.

Кроме общей карты мира, игра также включает в себя сюжетную кампанию под названием «Путь к независимости», где игрок управляет британской колонизацией Америки. В первой части кампании, игрок создаёт и развивает колонию Джеймстаун. Вторая часть сосредоточена на Франко-индейской войне (со стороны британцев). В финальной части кампании, игрок управляет американской Континентальной армией против британцев в Войне за независимость.

В отличие от предыдущих игр серии, где карта кампании была едина, в Empire: Total War она разделена на три региона и четыре торговых района. Регионы: Европа, Индия, Северная и Центральная Америка. Торговые районы: Бразилия, Берег Слоновой Кости, Мадагаскар, Ост-Индия.

Регионы представляют собой, фактически, отдельные карты. Связь между ними осуществляется по морю — для этого на морских окраинах каждого региона имеются специальные области, при заходе в которые флота игрока ему предлагается выбор, в какой регион перейти. Кроме того, из Европы в Индию и наоборот можно перейти по суше, через территорию Персии и Афганистана.

Торговые районы не имеют наземных областей и поселений, но богаты природными ресурсами. В каждом районе имеется пять мест для размещения торговых флотилий. После размещения, игрок получит дополнительный доход в казну.